Начавшаяся Великая Отечественная война внесла большие изменения в жизнь института. 23 июня 1941 года в актовом зале института на ул. М. Горького состоялся митинг. Прямо с митинга многие студенты пришли в Дзержинский райвоенкомат записываться добровольцами на фронт (тогда на месте сегодняшнего Самарского района существовало два района: Фрунзенский и Дзержинский). В числе первых преподавателей и студентов физико-математического факультета, ушедших на фронт, были: А.И. Бойков – зам. декана факультета, П.Д. Чуковенков – заведующий кафедрой физики, преподаватели этой же кафедры: Н.Н. Назаров и С.В. Доброхотов, студенты М.И. Фомин – секретарь бюро ВЛКСМ факультета и И.В. Чипига. Всего, по самым скромным подсчётам, не менее 430 студентов, сотрудников и преподавателей института являлись участниками боёв с немецко-фашистскими захватчиками.
В конце июля 1941г. более шестисот студентов и сотрудников института были направлены на сельскохозяйственные работы в Больше-Глушицкий район. С 17-го августа к своим товарищам присоединились девушки, окончившие курсы шоферов. Они перевозили хлеб урожая первого военного года. Совместная работа в поле, на заготовках дров, на многочисленных воскресниках позволяла студентам и преподавателям глубже познавать друг друга. Она выявляла все лучшее, что есть в человеческом характере: – доброту, мужество и стойкость, нравственную силу. Заведующий кафедрой математического анализа и геометрии, будущий профессор и декан физико-математического факультета, Степан Павлович Пулькин в совершенстве познал искусство укладки ометов, и у него этой крестьянской работе учились многие другие.
Учебный год в институте начался в тот год как всегда, первого сентября. Но занятия пришлось скоро прервать, ведь после всеобщей мобилизации везде остро ощущался недостаток рабочих рук, в том числе и в сельском хозяйстве. И снова студенты, преподаватели, сотрудники вуза выезжают в поле. В сентябре – начале октября в Волжском районе они заготавливают картошку для детских садов, а затем направляются в Дубово-Уметский район спасать неубранную пшеницу.
Война привела к большим изменениям в составе студентов. Дело в том, что и до войны в институте преобладали девушки. Но массовый уход в армию мужчин еще больше изменил это соотношение. На 1 октября 1941 года на четырех факультетах педагогического института было всего 67 юношей и 722 девушки. К 1 декабря 1941 года на всех факультетах педагогического и учительского институтов осталось 1211 человек. А в конце декабря институт произвел свой первый военный выпуск. Досрочно закончили обучение 210 студентов четвертого курса педагогического института, 198 из них получили дипломы, 10 – с отличием, причем семеро из них с физмата.
Успеваемость студентов в институте в военные годы выросла. Успех учебного процесса в столь трудной обстановке был в значительной степени обусловлен высоким уровнем преподавания. Исключительное внимание уделялось самостоятельной работе студентов. Это было тем более важно, что многие из них совмещали учебу с работой на производстве. В целях стимулирования самостоятельной работы проводились индивидуальные и групповые консультации, коллоквиумы, давались контрольные работы, поурочные семестровые домашние задания и т.п. Наиболее удачно была организована самостоятельная работа на физико-математическом, литературном и химико-биологическом факультетах.
В феврале 1942 года была объявлена мобилизация студентов для работы на авиационном заводе. Среди пришедших на завод, в числе первых была и математик – Е.В. Ширяева. Каждый факультет имел свою специализацию на заводах, так студенты физмата были газосварщиками и электросварщиками. Из воспоминаний студентов: «Работали по 12 часов в день без выходных и отпусков, а дорога до Безымянки пешком занимала 3-4 часа. Спать почти не приходилось, однако никто не жаловался. Знали, что этот труд – большая помощь фронту. Скоро большинство наших студентов стали стахановцами. Нормы выполняли больше, чем на 100%…». Держались вместе. Как в институте, так и в цехах сохранили факультетскую марку.
Несмотря на нелегкие условия военного времени, масштабы научной работы в институте не только не сократились, но наоборот, значительно возросли. Тематика различных исследований, планы творческого поиска сотрудников всех кафедр с самого начала войны были переориентированы на нужды обороны. Большую ценность для Красной армии представляли научные исследования преподавателей кафедры физики: профессора А.И. Ахиезера, доцентов Н.И. Грачёва и П.И. Богачёва, сотрудника кафедры И.М. Малышева. Предметом их научной работы были асимметричные колебания магнетрона – прибора, который используется в устройстве радиолокационных и других установок. Его изобретение, в чём есть весомый вклад преподавателей нашего института, позволило создать сверхточные радиолокаторы, с помощью которых наши бойцы безошибочно сбивали немецкие самолёты и отбивали воздушные атаки. У немецкой армии таких магнетронов не было.