К началу 1990-х годов Куйбышевский государственный педагогический институт стал одним из крупнейших педагогических вузов не только в Поволжье, а и в России. На его восьми факультетах (в том числе – физико-математическом) обучались свыше 6000 студентов. В конце 80-х – начале 90-х годов XX века в институте, как и в стране, происходили существенные изменения. Были открыты новые факультеты и новые специальности, среди них и факультет информатики. В 1994 году Самарский государственный педагогический институт им. В.В. Куйбышева прошел государственную аттестацию, по результатам которой он был переименован в Самарский государственный педагогический университет.
До 1989г. факультет готовил учителей по двум специальностям – «Математика» и «Физика». В 1990-е годы факультет переходит на новые учебные планы и начинает подготовку педагогических кадров по нетрадиционным для него специальностям: «Информатика», «Социальная педагогика», «Экономика», а также по специализации «Научно-техническое творчество». Физмат готовит в этот период учителей математики и физики в сочетании с указанными дополнительными специальностями и специализациями. С 1994г. выпускниками физмата становятся учителя информатики и математики, а в 1996г. – впервые выпускаются педагоги по специальностям «Физика и информатика» и «Физика и социальная педагогика». В 1998г. состоялся первый выпуск учителей математики с дополнительной специальностью «Экономика».
Учебный процесс организовывался кафедрами физмата на достойном уровне. Лекционные курсы в эти годы читали студентам физмата опытные и высококвалифицированные преподаватели, доценты и профессора: В.Ф. Волкодавов, В.И. Пугач, В.В. Азовский, Т.М. Федулова, Н.С. Новичкова, А.С. Тарновский, В.А. Бетев, Б.В. Храмов, В.П. Гаврилин, Д.Г. Березин и др. Практиковалось систематическое взаимопосещение занятий с их последующим обсуждением.
Деканами физико-математического факультета периода 1990-х годов и на рубеже веков являлись: доцент Елена Павловна Бельчикова (1990-1993гг.), старший преподаватель Алексей Николаевич Дозоров (1993-1995гг.), доцент Надежда Павловна Рыжова (1995-2005гг.)